注:DNA提取步骤参考所用试剂盒的说明书!PMA的部分作用机制是通过沉淀从样品中去除PMA结合的DNA;因此,在提取基因组DNA时,各组应使用相同体积的基因组DNA洗脱液,进行体积归一化处理(死菌和活菌提取基因组DNA量不一致,因此两者浓度相差明显)!吸取10μL菌液于液体LB培养基,在细菌培养箱中培养过夜或更长时间,使细菌培养至对数生长期(OD600≈0);注:培养基类型及培养时间根据实验调整!取活细菌两份,每份400μL,置于干净离心管中.
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非LED灯(如卤素灯)可能会加热您的样本并对分析产生负面影响,照射时需要使用冰块对样品降温处理!样本可以在光解后冷冻保存.若在进行PMA处理光解之前冷冻样本可能会损坏细胞膜并产生假阴性结果.如需在检测之前冷冻样本,建议先进行预实验.PMA的部分作用机制是通过沉淀从样本中去除PMA共价修饰的DNA;因此,在提取基因组DNA时,需使用相同体积的基因组DNA洗脱液,进行体积归一化处理。阳性对照可以使用活细胞的基因组DNA!
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为了验证PMA在测试样本中的有效性,可对比同处理样本-/+PMA之间的Ct(dCt)变化!实验材料(自备)光源(用于PMA修饰DNA后的光解步骤)细菌基因组DNA提取试剂盒配套的qPCRMix试剂盒对应样本类型的有效qPCR引物实验步骤吸取10μL菌液于液体LB培养基,在细菌培养箱中培养过夜或更长时间,使细菌培养至对数生长期(OD600≈0);注:培养基类型及培养时间根据实验调整!取活细菌两份,每份400μL,置于干净离心管中.
该修饰过程会使DNA不溶,并使其在随后的基因组DNA提取过程中与细胞碎片一起丢失,进而阻碍死细胞中目标DNA的PCR扩增!残留在溶液中未结合的PMA,在强光照射下与水分子反应分解成无交联活性的羟胺化合物,使羟胺不再能够共价结合DNA,从而不影响PCR扩增.这个特性使得PMA可以通过实时定量PCR(qPCR)的手段,检测多种样本类型包括:细菌、生物膜、酵母、真菌、病毒和真核细胞;与qPCR、NGS、Sanger测序和LAMP技术相结合,广泛应用在食品和水安全和环境测试中!
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