这时，就必须对菌种进行分离纯化。其一般步骤是：取菌种进行全营养摇瓶培养（多做一些），对培养液进行稀释后涂布平板，一定要多做一些！培养后从中挑选出菌落直径大的单菌落（也要多挑一些），扩大培养后进行发酵培养基液体培养，测定产物产量，再多中挑选出产量高的！这些挑选出的菌种要多传代几次，每次都要进行生长情况测定和产物测定，就是要保证它们的遗传稳定，才能作为生产菌种。经过分离纯化后的菌种要多做一些，制成保藏菌种!
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食用菌生产bai后的du菌渣是很好的有zhi机肥、育苗基质和无土栽培dao的基质！首zhuan先，对菌渣进行发酵，其次shu，发酵后的菌渣可以直接与牛粪、鸡粪等有机肥按一定比例进行混合就可以做有机肥了；另外，如果作为育苗基质和无土栽培基质，就要进行脱盐分处理，PH到达7以下.菌菇渣如何发酵？1、1～1!5吨成品有机物料(鲜料约2.5～3。5吨)加1公斤发酵剂，混拌发酵即可.但碳/氮(即C/N)较高、较难发酵的树皮、锯末、稻壳等物料，应适当增加用量，每吨物料用2公斤发酵菌剂，发酵剂更好经过稀释!
5、发酵天数：粪便4～7天，碳氮比较高的树皮、锯末等7～20天！6、发酵完成以后，即可对物料进行造粒等深加工工艺！传统菌种发酵罐生产工艺，一般是由试管母种扩繁成二级种、三级种，生产周期长、污染率高、成本高、需大量人工、管理困难!液体菌种生产具有纯度高、活力强、繁殖快的特点，接种到培养料内有流动性好、萌发点多，发菌迅速等特种点，发酵罐其实就是一种生物反应器，生物反应器是指为活细胞或酶提供适宜的反应环境，让他们进行细胞增殖或生产的装置系统！
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6利用菌渣发展沼气目前一些食用菌产区利用菌渣发展沼气.如河南西峡县是食用菌生产大县，也是沼气试点县，目前已发展沼气5000户，每年有5000吨菌渣投入沼料使用！也可以作为禽畜养殖垫料，禽畜粪污被菌渣垫料中微生物分解，禽畜舍无臭味，垫料发酵后投入沼气池!7作为生态环境修复材料菇渣中含有大量的漆酶、多酚氧化酶以及过氧化物酶等多种降解酶类，这类酶不仅可以降解木质素，还能有效地降解萘、菲、吡等多环芳烃类的化合物。
4用作食用菌栽培原料选择培养料未被杂菌污染的木耳、金针菇、杏鲍菇、白灵菇等栽培后的菌渣，进行剥袋、打碎、建堆发酵及灭菌等处理，用于平菇、草菇、鸡腿菇、双孢蘑菇等草腐菌栽培。5用作燃料将出菇后的食用菌废弃物晒干保藏，用于菌种培养基和培养料的灭菌燃料，这已在生产中广泛应用！近年开发的菌渣木炭机，将菌渣粉碎、烘干、制棒、炭化处理等工艺，在隔绝空气条件下，经高温高压成型、炭化处理后制成的一种废物再生能源！另外，近年开发的“生物质气化炉”，可直接利用菌渣做燃料，提高了热值和气化效率！
生物反应器为细菌的生长和繁殖提供适宜的生长环境，促进菌体生产人们需要的产物！有机肥发酵罐地，基建成本小该系列有机肥生产设备只需占用10-30平方米的面积就可投入生产，整个生产线也只占用1-4亩地，大大降低基础土建部分的费用!环保无污染整个生产线设计密封作业，无废水、废气排放，环保清洁生产，符合国家环保要求。发酵罐中为什么会出现菌种生产力降低,产品质量变差？经过多代培养和使用，菌种都会发生不同程度的退化，有版些表现在生长缓慢，生长曲线不明权显；有些表现在耗糖基本正常，但产物产量减少等.
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