GY膜生物反应器放置在膜生物反应池内，浸没在混合液中。GY膜生物反应器的底部采用穿孔管曝气产生紊动来冲刷中空纤维膜表面，促使累积在膜表面的颗粒脱落。在抽吸水泵产生的负压下，水穿过膜而完成过滤处理。浸没式GY膜生物反应器由中空纤维微滤膜片构成，微滤膜可以有效地截留生物絮体、悬浮物、病原体和大分子溶解性有机物等，因此可以获得清澈的出水。GY膜生物反应器由于能在高污泥浓度下运行，所以可以大大增加生化处理单元的容积负荷，减少占地面积。较长的污泥龄可以减少生化单元的污泥量，减少污泥处置费用。
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