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一、温度
温度是影响微生物生长繁殖的一个重要因素，温度过高或过低都不利于微生物的生长。一般*适于微生物生长繁殖的温度为37度～38度，而发酵床垫料的发酵温度则可达到60-70度，因此，要求筛选培育的发酵微生物对高温有较强的耐受力。
二、水分
发酵床垫料的含水量是影响微生物生长与繁殖的又一重要因素，试验研究表明，垫料的含水量在50％为宜。如果低于45％，猪粪尿的分解速率会下降，垫料过干会导致发酵床的表面起灰尘，引起猪的呼吸道疾病；若含水量达到55％～60％，会使垫料分解过快，缩短发酵床的使用寿命；高于65％则会导致垫料的厌氧发酵，产生有害气体，不利于猪只健康生长。
三、氧气
垫料中的微生物主要是好氧微生物，要进行好氧发酵，必须保持垫料一定的通气性。研究表明：在两个250ml。三角瓶中分别装培养基25mL、50ml，对纳豆芽孢杆菌进行摇瓶培养24小时后进行比较，在菌体生长前期两者相似，进入对数生长期后，供氧对菌体生长影响显著，通气量大的25／250mL装量菌体生长快，活菌数高，表明通气量大(通气时间长)，溶氧水平高，有利于菌体的生长。
四、营养
为了保证发酵床有较长的使用寿命，一般采用低营养的稻壳和锯末为原料，其主要成分是纤维素和木质素，在微生物的作用下降解缓慢。发酵床中微生物代谢的主要营养是碳源和氮源，垫料中可以为微生物提供碳源和氮源的主要是猪粪尿和米糠、麦麸等物质。垫料发酵初期，微生物群落主要依靠米糠中的营养物质维持生长和繁殖；进入正常的养猪管理以后，猪粪尿是微生物活动的主要营养来源，所以，在垫料的管理过程中，需要将猪粪及时在发酵床上分散均匀，以保证发酵床功能的正常发挥。
五、酸碱度
酸碱度(pH)是影响微生物很重要的一个因素，pH会影响微生物细胞对营养物质的吸收、酶活性及有害物质的毒性。研究表明，纳豆芽孢杆菌对消化道的pH环境具有较强的耐受性，在pH 6.0～7.6内，存活率可以达到86％以上，在pH 2.1～5.1的范围内，pH对菌株的存活率影响较大。为保证垫料中纳豆芽孢杆菌等有益菌的正常生理活动，要求垫料原料、水源等物质的pH在7.0。
六、有害物质
在生猪生产中，为追求猪的高生长速度而过量添加铜(250～400mg／kg)、锌(2500～3000mg／kg)等微量元素，是目前我国养猪业中普遍存在而又急需解决的问题。铜、锌作为微量元素，猪对其需要量较少，能够满足猪正常生理活动的铜和锌量分别为4～6mg／kg、l00～125mg／kg。饲喂高铜高锌饲料的猪．每天排出的铜、锌占食人量的90％以上。在培养基中添加6.5mg／kg锌会抑制纳豆芽孢杆菌的生长；添加250mg／kg的铜会使猪粪中的细菌总数减少60％。因此，饲料中过量添加铜和锌不仅造成浪费，造成重金属污染，同时对纳豆芽孢杆菌等有益菌有强烈的抑制作用，破坏猪胃肠道和垫料中的微生态平衡。抗生素具有很强的杀菌作用，作为猪的饲料添加剂能预防疾病、促进猪的生长，但抗生素的长期使用会造成猪肉品质下降，同时使有害微生物产生抗药性，不利于发酵床中有益微生物的生长繁殖，破坏微生态平衡。
